Côté accès FTP c'est rentré dans l'ordre, il ne devait pas y avoir de lien avec le problème initial.
Côté indisponibilité par intermittence, le souci est toujours là, mais je suis maintenant moins sûr qu'il s'agisse d'un problème DNS.
En effet, si l'astuce du fichier host fonctionne, je me suis rendu compte que lorsque le site est indisponible, effectuer quelques refresh permet aussi de le faire revenir.
Ma seule certitude est que le problème est côté serveur, puisque constaté par plusieurs personnes depuis plusieurs postes avec différents navigateurs.
EDIT : je viens d'avoir à nouveau une indisponibilité et là les refresh ou vidages de cache n'y font rien...
en revanche le coup du fichier host est toujours efficace, ce qui relance la piste DNS.