Non, je ne pense pas que le parafoudre ait un effet réellement néfaste.
D'ailleurs, ce composant est présent également dans la boucle locale en aérien.
Mais si tu as une trés mauvaise ligne, le moindre petit truc peut te faire basculer du "correct" aux décos.
De toute façon, tout composant inséré entre le DSLAM et ton modem est plus ou moins néfaste, le top étant une utopique liaison directe DSLAM => modem, sans passer par les répartiteur, sous répartiteurs, PC, prises, filtres, ...