Free ne fait *aucune* sauvegarde des pages perso (imaginez les To occupés par de telles sauvegardes) d'où l'importance de le faire soi même régulièrement (fichiers via FTP et base de données via
http://sql.free.fr/backup.php). (
http://www.freenews.fr/index.php?itemid=3431)
Pour la cause de la disparition (actuellement votre site est accessible, "miracle" ou restauration de votre part ?), il s'agit soit d'une défaillance matérielle (peu probable car vous n'auriez pas été le seul impacté et il n'y a pas eu de signalement similaire ces jours ci) soit de piratage. Il ne faut pas longtemps pour supprimer tous les fichiers d'un site, par FTP ça ne prend que quelques instants et via un script PHP c'est probablement encore plus rapide.
Parmi les modules installés, aviez vous phpBB ? (ce forum est à surveiller en permanence, les failles de sécurité sont relativement nombreuses donc il est "vital" de le mettre à jour quasiment à chaque nouvelle version)