étant donné que les ports utilisés par eMule sont intégralement paramétrables, Free peut-il vraiment brider ? je ne crois pas...
je pencherais plutôt pour une faille dans votre configuration, notamment au niveau routeur. Je ne me permettrai pas de donner un lien ici, ça risque d'être mal vu... mais une recherche Google avec des termes clefs comme "emule freebox routeur" devraient vous donner suffisamment d'indications.