Je crois qu'en fait il faut respecter cet ordre-là dans le fichier .htaccess à la racine de l'hébergement :
# activation php5 (free.fr)
<ifDefine Free>
PHP56 1
</ifDefine>
# Désactivation de l'affichage des répertoires
Options All -Indexes
# Protection du fichier .htaccess
<Files .htaccess>
Order Allow,Deny
Deny from all
</Files>