idéalement il te faudrait un multimètre, décabler une paire et vérifier si il y a ou non présence des 50V sur la prise que tu veux garder (et absence des 50V sur celle que tu veux supprimer).
Si tu n'as pas le matos, que tu ne connais personne qui a ce matos, et que tu n'es pas sur de ce qu'il faut faire, laisses tout en état c'est mieux que de tout casser ! Eventuellement, vérifie que les 2 paires sont bien connectées (vis sufisament serrées) sur le départ et dans les prises.
Un autre truc, pour les problèmes de synchro, essayes avec d'autre filtres adsl, et d'autres cables RJ11 (entre le filtre adsl et la fbox). J'ai noté jusqu'à 1db d'écart sur la marge de bruit (en mettant un RJ11 plus "gros") et gagné entre 0.5db ey 1db d'atténuation en changeant le filtre.
Maintenant, si avec le cablage d'origine, tout marchait, et que ca ne synchronise plus depuis ton dégroupage total, le problème est trés probablement dans le NRA (mauvais cablage).