Merci Fabfree de m'avoir fait découvrir une autre interface Webmail (
https://webmail.free.fr) que celle que j'ai toujours utilisée (
https://imp.free.fr) et qui a permis de désactiver des filtres implémentés par Free de manière unilatérale et qui n'apparaissent pas dans l'interface que j'utilisais jusqu'ici.
Le problème est résolu et je peux de nouveau récupérer tout les mails avec Thunderbird.
Donc pour ceux qui galère :
1 - aller sur
https://webmail.free.fr2 - paramètres en haut à droite
3 - Filtres dans la liste qui apparait
4 - aller sur chacun des filtres qui pose problème et cocher la case en haut à gauche : Désactiver le filtre
5 - Enregistrer à chaque fois qu'un filtre est désactivé sinon ça ne fonctionne pas. Donc si 3 filtres à désactiver, on coche la case puis on enregistre avant de passer au suivant.
Tout devrait rentrer dans l'ordre par la suite
Merci encore à ceux qui ont donné des pistes