J'ai le même "problème" avec Firefox comme navigateur par défaut.
Lorsque j'ouvre mon courrier à partir de Msn ou que je clique sur un lien à partir d'Outlook, c'est IE qui s'ouvre.
Je ne me suis pas penché sur la question, mais je pense comme Kisskool, que ça doit etre un souci de base de registre, ou plus simple, de config des logiciels....